卵巢巧克力囊肿，一般如果超过四厘米，就可以考虑手术治疗。因为卵巢巧克力囊肿大于五厘米的时候，就很容易造成卵巢囊肿的扭转。一旦发生会出现大出血、急性的腹痛以及感染，严重威胁到健康。
如果是还没有生育过的女性，发生单侧的卵巢巧克力囊肿，可以暂时先密切观察。待生育以后，或者生育时剖宫产一起手术去除。
对于有巧克力囊肿的女性，如果囊肿比较大，药物保守治疗效果不佳的情况下，就需要考虑要通过行手术将其摘除。而巧克力囊肿的手术大概费用可能是在1万到1万2千元左右，同时还跟手术的类型以及手术的医院等级有一定关系，比如是进行开腹手术，将卵巢巧克力囊肿切除，这时的手术费用可能在6千到8千元左右。
如果是在三甲医院进行腹腔镜的微创手术，这时的手术费用通常都在1万元左右，而且在手术后建议尽量卧床休息半个月，同时为了避免复发，需要配合药物的调理。
巧克力囊肿它是属于子宫内膜异位症的表现，可以影响到正常的怀孕生育，一般需要通过手术处理的，手术安全系数还是相对比较高，选择大型医院妇保院进行腹腔镜手术，手术属于微创手术，一般一个月以后基本恢复正常，手术以后要做好各方面的消炎和调理措施，定期复查彩超。
