甲硝唑主要是用于厌氧菌的治疗，而且感染牙神经的细菌多数为厌氧菌，所以使用甲硝唑是对症的治疗药物。甲硝唑治疗厌氧菌感染疗效较好，价格低廉，很多口腔医院都用此药治疗牙龈炎、牙周炎、冠周炎。
该药有一定的副作用，如口服后感觉恶心，腹部痉挛、便秘，口腔偶有明显的金属异味。应用该药时若饮酒，可出现腹部不适、恶心、呕吐、面色潮红、头痛、酒味改变。该药在乳汁中的浓度与血中浓度相似，若必须用药，应中断哺乳。成人厌氧菌感染，口服剂量为每日0.6～1.2克，分3次服，7～10日为一疗程。
甲硝唑治疗牙齿疼痛，使用剂量一般为一天三次，一次两片，饭后服。
因为甲硝唑有一个很大的副作用，即胃肠道反应，空腹吃了以后可能会胃不舒服，比如可能会出现恶心和呕吐。如果甲硝唑一直在吃，原则上最多不要超过七天。
所以，对牙疼的情况，消炎药只是暂时的。需要到医院口腔科，进行彻底检查，确认病灶牙，之后再进行彻底的根管治疗，才能从根本上解决问题。
甲硝唑片是临床上常见的抗生素，口服吸收好且在体内分布广泛，可进入感染病灶，对滴虫、阿米巴滋养体以及破伤风杆菌具有强烈的杀灭作用，是治疗阿米巴病、滴虫病和破伤风的首选药物。
此外临床上还可以用于治疗厌氧菌引起的口腔、腹腔、女性生殖器、下呼吸道和骨关节部位等部位的感染。
同时甲硝唑对幽门螺杆菌感染的消化性溃疡以及四环素耐药引起的假膜性肠炎也有特殊疗效，注意在用药期间和停药一周内禁用含乙醇的饮料。
