一般免疫力正常的人身上，毛囊炎通常是会自己慢慢痊癒的，一般说多是1-2周内就会好转痊癒。少数严重的感染情况必须加以治疗，医师在治疗上需要区分是细菌性毛囊炎还是霉菌性毛囊炎：
细菌性毛囊炎：轻微的细菌性毛囊炎会选用含有抗生素外用药膏来进行治疗，医师可以视病人的感染情况，斟酌使用口服的抗生素来协助治疗，同时也可以搭配去角质化与抑制发炎的外用药剂，来协助缓解症状与改善病情。
霉菌性毛囊炎：如果没有使用能杀死霉菌的抗生素来进行治疗，还可能还让病情更加严重。目前透过口服、外用的抗霉菌药物或清洁剂，例如洗髮精来进行治疗。
毛囊炎预防方法
1、减少穿紧身衣、裤，造成皮肤过度摩擦而引起毛囊炎。
2、避免皮毛囊炎肤长期处于高温、潮湿、密不通风、卫生不佳的环境，例如长时间戴手套工作。
3、洗头时不要过度用力抓扯、刮须子时避免刮伤，尤其避免过度拉扯到皮肤。
4、建立良好的卫生习惯，保持皮肤的清洁。
5、依照自己的肤况选择适合的保养品，避免使用过度油腻的乳液、防晒产品，头部产品如发胶、发蜡使用后也要适度地清洁，减少毛囊阻塞发炎的机会。
6、洗三温暖、温水游泳池或泡温泉等活动时，需注意环境是否干净。
补充足够的维生素，多吃蔬菜水果，并避免食用过于辛辣油腻的刺激性食物。
适度清洁，若在医师评估后认为有需要可选用具有杀菌效果的肥皂或沐浴乳。
定期以热水清洗贴身衣物及毛巾、床单，可以避免贴身用品因长期未清洁而孳生细菌。
容易有毛囊炎的族群，不要穿着过于紧贴的衣物，降低衣物摩擦皮肤的机会，并选用透气的材质，让皮肤维持在清爽乾燥的状态下，就可避免毛囊炎復发。
假性毛囊炎的病人(容易出现毛髮倒插的特殊族群)，建议不要过于频繁的除毛、减少刮鬍子的频率、依照毛髮生长的方向来刮除以减少刮伤皮肤的机会，并要定期更换除毛的工具。
生活作息规律，避免熬夜，维持良好的睡眠品质，注重自我压力调适，保持心情愉悦，以根绝毛囊炎復发。
