经过近十年的考验，目前HPV疫苗总体安全性较高，常见的副作用包括注射点反应，如疼痛、红肿、出血、瘙痒和普通反应，如头痛、发热、恶心、呕吐等。
注意：
少数个例显示有过敏反应，如呼吸困难、哮喘、荨麻疹等。此外，HPV疫苗从开发研制到应用只有20几年的时间，其可能存在的长期副作用也无法预知。
根据美国CDC发布的HPV疫苗指南推荐，11-12岁女孩和男孩在无性行为前接种HPV疫苗最佳。
注意：
对于有性生活的女性也可接种HPV疫苗，接种HPV疫苗前不需要先检测自己是否已经感染HPV。不论是否已有HPV感染，接种疫苗后，绝大多数女性均可获得不同程度的保护，月经期可以接种HPV疫苗。
1、对HPV疫苗过敏者不适合接种。
2、怀孕期间不推荐注射HPV疫苗。
小贴士：
若在未知怀孕的情况下已经注射了HPV疫苗，可以继续妊娠，剩下未接种完的剂量需等妊娠结束后继续接种。哺乳期妇女可以注射疫苗。
