蛋白质在人体内作用时会分解出很多的物质，包括对人有好处的，也有对人体不利的，比如：氨、酮酸以及尿素，这些物质都需要通过肾脏排出体外，而如果大量食用蛋白粉在无形中造成了肾脏的负担，对人体会产生一定的副作用。如果它们在体内储存时间过久，就会加重肝脏的负担，影响正常的肝肾功能，造成免疫力低下。蛋白粉摄入过多的话还会引起消化不良，严重的话还会增加癌症和心脏病的患病几率。
在蛋白粉原料中嘌呤成分较多，如果摄入蛋白粉过量可能增加痛风的发病率。此外，蛋白质在人体内的分解产物较多，其中氨、酮酸及尿素等对人体会产生副作用，不仅增加肝脏负担，还容易引起消化不良，甚至会影响肝肾功能，造成消瘦及免疫功能低下，所以特别提醒痛风、肝肾功能衰竭患者，更要限制蛋白质的摄入。
如果摄入过多的动物蛋白质，还将同时摄入过多的动物脂肪及胆固醇。同时，在正常情况下，人体不贮存蛋白质，过多摄入的蛋白质经脱氨基分解，产生氮由尿排出体外，这一过程需要大量水分，从而加重肾脏负担，对于肾脏本来不好，或者各脏器已开始退化的老年人来说，会带来更大的危害。另外过多的蛋白质摄入，不仅使人机体变胖，还能造成含硫氨基酸摄入过多，会加速骨骼中钙的丢失，从而引起骨质疏松。
1、不要空腹服用，空腹吃，蛋白质粉会被作为一般的“产热食品”消耗掉，不仅浪费，还加重肝肾的代谢负担。
2、加调味品要控制，糖和盐都不能太多。
3、不要与酸性饮料一起吃。苹果汁等饮料里含有有机酸成分，与蛋白质粉混合后，会形成凝块，影响消化吸收。
4、如服用的是乳清蛋白质粉，还要特别注意不可过度加热;最好是溶于40℃以下的水、粥等食品中，也可作为冷饮品食用。因为乳清蛋白质粉含有许多具有特殊生理功能的活性物质(这也是它价格高的主因)，一旦受热就会失去活性。
5、婴幼儿不宜食用蛋白质粉，母乳喂养是首选，其次可选择蛋白质含量在10%～20%的婴幼儿奶粉。
6、肝脏疾病患者应适当增加蛋白质的摄入量，但对于肝昏迷、肝硬化晚期患者应慎用动物蛋白，可选择富含支链氨基酸的植物蛋白。
