1.灌肠的药物成分复杂，如有过量或错误使用，很容易损伤孩子娇嫩的肝肾等重要脏器。
2.灌肠治疗之前不做皮试，家长也不清楚具体用药，孩子可能出现过敏性休克等严重后果。
3.直肠滴入不是一种安全、无菌的给药方式，肠道内含有很多细菌，有可能随着滴入液进入肠道深处，造成污染。一些抗生素可能杀灭肠道内的有益菌群，造成体内菌群失调，导致继发性感染和腹泻等。
4.不当的灌肠可能损伤肠道粘膜、改变肠道内酸碱度，引发直肠细胞的变性、坏死，危害无法估量。
5.长时间的大量液体保留灌肠，会导致水电解质紊乱，严重可致死亡。
6.灌肠所用的药物，因为没有药品说明书的指导，使用的剂量也是五花八门，有的甚至超过正常剂量的数十倍使用。有些操作者还将不能溶解的口服药物也加入其中，这些固体药物，即使研磨溶解了，也不能被肠壁吸收。
7.有些将中药材直接研磨加入灌肠液中使用，这种没有经临床实验就拿出来的用法，更加危害宝宝的健康。
1.滥用抗生素
把口服药和注射针剂拿来灌肠都是违规用药。
2.滥用糖皮质激素和中药
糖皮质激素本来就不是退热药，我国2008 年发热指南明确规定：反对使用糖皮质激素作为退热剂用于儿童退热。至于本身就没有经过严格临床试验验证过安全性和有效性的中药，当然也是不该用的药，不能想当然用于灌肠。
3.冷水灌肠降温
治疗发烧的目的是改善孩子的舒适度，而不是把温度降到正常。使用冰水灌肠有点舍本逐末。
1.生理盐水清洁肠道。比如巨结肠或者严重便秘的孩子，需要生理盐水冲洗肠道。
2.特殊的造影检查。比如巨结肠患儿，医生需要把造影剂从肛门灌进结肠。
3.特殊的治疗手段。比如治疗肠套叠，需要从肛门灌入气体或水，把套进去的肠子冲出来等。
