1996年3月，伊利股票在上海证券交易所挂牌交易，成为全国乳品行业首家A股上市公司。伊利股份凭借良好的业绩和高速的成长性成为证券市场公认的蓝筹绩优股。1999年，“伊利”商标被国家工商行政管理局认定为“中国驰名商标”，并在中国食品行业内首家通过了ISO9002国际质量体系认证。
伊利系列产品在国家乳品检测中心市场抽检中，连续多年产品的合格率为100%。公司荣获中国质量管理协会授予的“全国用户满意企业”称号，被中国食品工业协会评为“质量效益型企业”。2000年9月，伊利集团又被国家质量技术监督局评为“全国质量管理先进企业”。
伊利奶粉事件 回首伊利曾经风光
2002年，伊利纯牛奶在乳品行业独家获得《质量安全国家标准合格产品》证书。同年，伊利集团所属的液态奶事业部首先通过了国际食品行业中通行的HACCP管理体系认证，成为国内乳品行业第一家实现食品安全有效监控的企业。02年8月，伊利股份作为中国证监会批准的七家增发股票的公司之一，增发了近5000万股A股，成功募集到资金8亿元，为伊利扩大生产规模、调整产品结构，建立全国性物流配送体系和现代化营销体系提供了有力的资金保障。
2003年初，伊利集团所属冷饮事业部、奶粉事业部、原奶事业部也全部通过第三方审核认证，在国内食品加工业起到良好的示范作用。2003年12月，伊利集团获得了素有“绿色壁垒通行证”之称的ISO14001环境管理体系的资格认证证书，标志着伊利集团已经成功得到进军国际市场的“绿色通行证”，为实现进入世界乳业20强的目标奠定了坚实的基础。
2004年，伊利集团与中国疾病预防控制中心营养与食品研究所、荷兰LIPID NUTRITION公司、南昌大学等国内外权威营养研究机构联合，发起全球首个针对中国母乳进行系统科学研究的合作项目;2005年伊利集团与内蒙古自治区科技厅联合组建国内第一家乳业研究机构——内蒙古乳业研究院;2008年年初，伊利集团在总结中国母乳科研成果的基础上发布了首个“中国母乳数据库”，使全球婴幼儿配方奶粉的研发大体系，有史以来第一次参照来自中国的数据，第一次基于科学数据洞察和满足中国宝宝的体质需求。
2009年底成立的“伊利母婴营养研究中心”代表着中国母婴营养研究领域进入专业科技主导的新阶段，也标志着中国母婴数据首次系统性进入全球高端配方奶粉研发序列。伊利集团基于“中国母乳数据库”，结合中国母乳研究项目科研成果开发出伊利“金领冠”婴儿配方奶粉，成为目前为止中国市场上唯一以中国母乳为标准设计的婴幼儿奶粉。
2011年，伊利股份实现营业收入374.5亿元，同比增长26%，其中奶粉业务收入56亿元。据AC尼尔森发布的数据，伊利奶粉在国内奶粉市场占有率为21%，位居第一。
