软皮月饼水分大、易变质，最好将月饼连带包装盒一起放入冰箱冷藏室，食前一小时取出，可保证它的口味。其它月饼也可以带包装盒放入冰箱的冷藏室，在这样的环境中，月饼的保存时间会长一点。
尽管对于有些品种的月饼来说，放入冰箱可以延长其保质时间，但还是会影响其风味。这是因为，月饼原料中的淀粉在经过焙烤后熟化，并变得柔软，而在低温的条件下，熟化了的淀粉会析出水分，变得老化，使月饼变硬、口感变差。
月饼含有丰富的油脂和糖分，受热受潮都极易发霉、变质，所以一定要将月饼存放在低温、阴凉、通风的地方。对那些还未使用冰箱的家庭，更不宜将月饼存放在密封的容器内久藏，最好存放在竹篮里，在上面加盖一张干净纸，然后挂在通风阴凉的地方，隔天把月饼上下翻一次。盒装月饼，应将盒盖打开，使其通风。
月饼中含脂肪较多，存放时还应注意避光，以防油脂氧化酸败。
月饼要轻拿轻放，尤其是苏式月饼因皮酥松，最容易破碎。如果饼皮脱落，不仅影响外观，而且影响口味、质量，并且易受潮变质。
月饼存放时，不宜与其他食品、杂物放在一起，以免串味，失去应有的口味和特色。存放期间还要注意防止蟑螂、蚂蚁、老鼠等侵食，以防传染疾病。
月饼放置时间过久容易引起馅心变质，吃后容易发生食物中毒。为保证月饼的质量新鲜，购买盒装月饼或散装月饼时，均应看清生产日期或出厂日期，以便掌握保存期。
一般来说，软馅中含水分较多，只能保存7到10天左右，而硬馅月饼则可保存1个月左右。在25摄氏度的气温环境下，杏仁、百果等馅心月饼可存放 15天左右;豆沙、莲蓉、枣泥等馅心月饼，存放时间则不宜超过10天;如果气温超过30摄氏度，月饼存放的时间还应该适当缩短，一般不宜超过7天;至于鲜肉、鸡丝、火腿等月饼，应随买随吃。
月饼中含糖量和油脂较高，吃多了会引起肠胃不适，尤其是老人、儿童和肠胃功能较弱的朋友，吃的时候更要注意了，一定要适量。
