据六神丸说明书显示一般建议温水吞服六神丸，因为六神丸中含有蟾蜍，对人体有麻醉作用，含服有可能会出现舌头发麻的情况。
1、六神丸含麝香和雄黄等成分，麝香能引起子宫收缩，会引起流产或早产，故孕妇禁用。
2、六神丸含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素等，一次服过量即可引起中毒，故两岁以下的婴儿应慎用，新生儿禁用。
3、含碘的华素片与含朱砂的六神丸同时服，因朱砂中的二价汞能与碘结合，形成碘化汞类有毒汞盐沉淀，可导致药物性肠炎。
4、六神丸有抑制消化酶的作用，因此不宜与助消化药多酶片、胃蛋白酶及淀粉酶合用，否则会使消化酶降低疗效或失效。
5、硫酸盐会促使雄黄中的硫化砷氧化，会增加雄黄的毒性反应，故六神丸不宜与硫酸盐同服。(如硫酸阿托品、硫酸亚铁等)
1、过敏反应：这与用量无关，而且不论内服、外用均可引起，主要表现为药疹，也有出现喉头水肿者，严重者会出现过敏性休克，故有过敏体质者应慎用。
2、子宫收缩：这是因为六神丸中含有麝香所致，孕妇应禁用。
3、脱毛：有报道因口服、外敷六神丸还含有雄黄，故不宜与多酶丸及胃蛋白酶合用，否则会使药物降效或失效，更不宜与阿托品等联用，否则会促使雄黄氧化，增加毒性反应。六神丸性香燥，易败胃，故宜饭后服用。凡脾胃不足、身体虚弱者应慎用或禁用。
