在射频消融术过程中，用穿刺针穿刺静脉/动脉血管插入电导管时，可能导致血管损伤，导致血栓形成、栓塞等。
血管穿刺方面有动静脉瘘，假性动脉瘤，锁骨下动脉损伤，另外，介入操作要穿刺下肢股动、静脉，故血栓形成和栓塞也是常见并发症。另外，患者长时间卧床休息，卧床时间过长下肢静脉血栓就很容易发生，导致肺栓塞。
建议：家属照顾时可以帮忙按摩下肢,促进血液循环，患者也需与医生很好的配合，遵医嘱下床活动，否则一旦形成血栓就很麻烦了，需要抗凝治疗，或者装滤器，以防止肺栓塞等。
心包压塞是临床常见心血管急症，射频消融术后该并发症发生率0.2-0.6%，紧急处理措施为心包穿刺引流及外科手术处理。其次，是操作的时候要跨瓣，可能会损伤主动脉瓣，二尖瓣等，会引起瓣膜损伤，心包填塞，导管刺激引起的其他心律失常。
射频消融术存在心律失常并发症，发生率约0.3%-0.6%左右的，除最严重的室速、室颤等情况外，最主要的并发症就是三度房室传导阻滞，这是难以完全避免的并发症。多见于房室结双径路、间隔旁道等处消融，发生的概率约0%-8%。
射频消融术插入电导管时，可能因各种原因，比如操作粗暴、拔出不恰当等，就容易导致心肌穿孔。
术后出现心肌穿孔多见于术后一周，称为早期心肌穿孔，晚期穿孔(术后超过一个月)发生率大0.17%，术后三个月后很少出现心肌穿孔，且有逐年递减趋势。
射频消融术并发症：心源性猝死
早期消融引发的心源性猝死主要是由于直流电消融房室结所致房室传导阻滞;后期RFCA引起的心源性猝死则主要是由于消融损伤部位延伸至心室引起多源性、多形性或扭转型室速，该类患者术前多伴有左心功能不全或同时合并QT高离散度等因素。
射频消融术过程中的放电消融时容易引发方式传导阻滞的并发症。
房室结改良术后的第6～30天常出现房室传导阻滞，即消融后延迟现象，其原因是消融部位凝固性坏死随着时间延长而扩大，引起正常传导组织损伤，然而这种延迟现象在旁道消融时则起到一种正面作用，即旁道消融术中失败或术后复发的患者，常常因为旁道的延迟现象使消融成功。因此，对旁道术后复发而要求第2次手术者，应在3个月后再实施。
有报道称，射频消融术后，一组房室结双径路改良术后出现持续性窦性心动过速，而这种心动过速与是否活动无关，故称为不良性窦性心动过速，其特点是心率变异明显降低。发生的原因可能是窦房结的副交感神经(迷走神经)在消融时受到损伤，失去了对窦房结的抑制作用，从而引起不良性窦性心动过速。
射频消融术过程中的血管穿刺时，容易刺伤血管，造成局部出血，甚至是感染的情况，还有些患者会出现血肿、气胸的并发症。
射频消融术的成功率
射频消融术虽然可能会引发一些并发症，但患者也不用担心，它的成功率还是很高的。
一般来说，房室结折返性心动过速、预激综合征等心律失常一次射频消融成功率可以达到98%以上，而房速、房扑、室早、特发性室速等复杂心律失常成功率可以达到90%以上，目前房颤的消融成功率阵发性房颤达到80～90%，持续性和慢性房颤也可达到60～80%，再次消融成功率将进一步提高。
